O STF decidiu que a competência para julgar o conflito entre juiz federal e juiz de juizado federal é do TRF, se ambos pertencerem à mesma Região (STF, Pleno, RE n. 590.409, rel. Min. Ricardo Lewandowski, j. em 26.08.2009).
O STJ, que entendia ser dele a competência nesta situação (n. 348 da sua súmula, ora cancelado), alinhou-se ao entendimento do STF, conforme se vê do n. 428 de sua súmula: “Compete ao Tribunal Regional Federal decidir os conflitos de competência entre juizado especial federal e juízo federal da mesma seção judiciária”. Se o conflito envolver juízos vinculados a tribunais regionais federais diversos, a competência será do STJ.
O mesmo raciocínio deve ser utilizado para o conflito que envolva juiz estadual e juiz de Juizado Especial Estadual (comum ou da Fazenda Pública): se vinculados a um mesmo TJ, é dele a competência para julgar o conflito; se vinculados a TJ´s diversos, a competência será do STJ.